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22/05/2020 03:15

CORONAVIRUS : «Le dépistage massif, c'est vraiment la traque du virus» explique le professeur Alexis de Rougemont

Le CHU Dijon Bourgogne a déployé une plateforme régionale haut débit de tests Covid-19. Dans la guerre sanitaire contre le nouveau coronavirus, le médecin biologiste Alexis de Rougemont présente cette arme de dépistage massif.
Depuis le 8 mars dernier, le professeur Alexis de Rougemont n'a quasiment pas quitté le laboratoire de virologie dont il est chef de service, on peut presque dire qu'il a été confiné au CHU Dijon Bourgogne. Le laboratoire de virologie a dû s'adapter rapidement au grand nombre de demandes de tests qui affluaient avec la croissance de l'épidémie du nouveau coronavirus.

Aujourd'hui, la stratégie de lutte contre le Covid-19 évolue et repose sur un dépistage à grande échelle. Le laboratoire de virologie du CHU Dijon Bourgogne doit une nouvelle fois s'adapter en déployant. Pour Infos Dijon, le professeur Alexis de Rougemont explique le fonctionnement de la nouvelle plateforme et ses objectifs.

Une mobilisation quintuplée pour faire face au pic de l'épidémie


Depuis vingt ans, le laboratoire de virologie du CHU Dijon Bourgogne est spécialisé sur les virus responsables des gastroentérites. Cela lui a valu une labellisation «centre national de référence» par Santé Publique France qui accorde ainsi des financements particuliers pour effectuer du génotypage et des études épidémiologiques.

En février et mars derniers, le sas du CHU Dijon Bourgogne qui recevait les personnes symptomatiques et les services hospitaliers ont orienté vers le laboratoire de virologie jusqu'à 400 prélèvements par jour.

Les prélèvements classiques (hépatite, VIH...) ayant diminué, le laboratoire a commencé à faire face avec ses effectifs habituels accompagnés des ingénieurs et techniciens travaillant habituellement sur les virus de gastroentérites. Chaque maillon de la chaîne s'est mobilisé.

Au plus fort de la crise, des techniciens d'autres services ayant des compétences en biologie moléculaire sont venus en renfort ainsi que des ingénieurs en informatique. De quatre techniciens œuvrant initialement sur les tests du nouveau coronavirus, vingt personnes ont finalement participé à la lutte contre le SARS-CoV-2 au sein du laboratoire de virologie.

Le confinement ayant joué son rôle, le nombre de tests à réaliser a fini par décroître sans pour autant s'annuler tout à fait. «Il y avait une circulation persistante du virus malgré le confinement» constate le praticien hospitalier.

Post-confinement, une nouvelle phase commence


«On est dans une accalmie» indique aujourd'hui le professeur Alexis de Rougemont qui se félicite de n'avoir eu aucun cas de Covid-19 dans son équipe depuis le début de l'épidémie. Ce 20 mai 2020, quelques jours après la fin du confinement, tout est en place pour une nouvelle phase car il est impératif d'«agir au plus vite» afin d'éviter la situation de ces derniers mois. «L'objectif, c'est de retrouver s'il existe encore des foyers persistants du virus et de pouvoir les juguler» afin «d'éviter une dispersion du virus à nouveau» résume le professeur.

Aujourd'hui, avec le déploiement de la plateforme régionale haut-débit de tests liés au Covid-19, le laboratoire de virologie a dû recruter 21 techniciens supplémentaires pour doubler sa capacité. Cet investissement important en termes de ressources humaines amène à créer l'équivalent d'un second laboratoire dédié au SARS-CoV-2 qui a été installé dans les même locaux en empiétant quelque peu sur les salles de recherche.

Il s'agit de locaux classés en «type 2» sur l'échelle des protections sanitaires. Les salles de l'unité de biologie du CHU Dijon Bourgogne sont classées en trois niveaux de sécurité biologique (LSB). Le rez-de-chaussée et les bureaux administratifs sont en «niveau 1», c'est à dire en air normal. Les salles de travail de «niveau 2» sont en pression négative avec une filtration permanente de l'air. En LSB 3, des systèmes de dépression supplémentaires et un second confinement renforcent la sécurité.

Un nouvel outil pour le CHU


La nouvelle plateforme s'est construite autour d'un automate qui vient compléter l'activité du laboratoire. Le MGISP-960 est conçu par MGI Tech Co. une entreprise chinoise spécialisée dans le séquençage de l'ADN. L'équipement correspond à une dotation fournie par Santé Publique France. Le choix s'est porté sur une société dont le matériel était disponible et qui était en mesure d'approvisionner aussi bien en consommables qu'en réactifs nécessaires pour faire fonctionner l'extracteur.

Le nouvel instrument prend place au sein d'un parcours où chaque machine contribue successivement à l'extraction, à l'amplification puis à l'analyse des acides nucléiques (ADN et ARN) permettant à la fin de vérifier la présence ou non du virus dans un grand nombre de prélèvements. L'ensemble constitue une «chaîne d'extraction et d'amplification». L'extracteur se révèle «très robuste» à l'usage et peut traiter 96 échantillons en moins d'une heure.

Si l'extracteur travaille sur tous les acides nucléiques des échantillons, la désormais célèbre PCR travaille, elle, spécifiquement sur un virus pour l'amplifier grâce à une réaction en chaîne par polymérase (polymerase chain reaction en anglais, ou PCR). L'instrument utilisé est un QuantStudio 5 conçu par l'entreprise américaine Thermo Fischer Scientific, spécialisée dans le matériel d'analyse biologique.

Une capacité de 7.000 tests par semaine


L'activité de la plateforme consiste à tester les prélèvements fournis par le «drive» dédié au Covid-19 mis en place depuis le 18 mai dernier sur un parking du campus dijonnais de l'Université de Bourgogne (lire notre article). En fonction de l'activité, les prélèvements pourront venir aussi d'autres sites de Bourgogne, le CHU de Besançon gérant préférentiellement les échantillons de Franche-Comté.

Les prélèvements arrivent à l'unité de biologie dans un triple emballage où ils sont enregistrés administrativement par les opérateurs de pré-analytique. Dans les locaux sécurisés en LSB2, les techniciens ouvriront les sachets pour transvaser les échantillons dans des tubes homogènes pour le fonctionnement des machines.

Le virus sera inactivé par un chauffage à 56° pendant 30 minutes. Des plaques de 96 tubes passeront par l'extracteur isolant les acides nucléiques avant d'être pris en charge par l'instrument de PCR. Le qualificatif de «chaîne à haut-débit» vient du fait que ces machines font gagner beaucoup de temps en évitant des manipulations. «La robotisation permet de faire plus vite avec plus de précision mais il faut quand même quelqu'un pour piloter car ce sont des machines sensibles» souligne le professeur Alexis de Rougemont.

Le test peut être réalisé en neuf heures. Avec l'acheminement, le CHU compte pouvoir délivrer un résultat au patient 24 heures après effectué le prélèvement. La capacité actuelle a été portée à 7.000 tests par semaine avec une possibilité d'aller jusqu'à 14.000 tests hebdomadaires si nécessaire. Depuis la sortie du confinement, la plateforme traite entre 100 et 300 prélèvements par jour.

Le professeur Alexis de Rougement précise que plusieurs facteurs expliquent les faux négatifs qui peuvent survenir : mauvais prélèvement, échantillon oro-pharyngé ou naso-pharyngé, délai d'acheminement trop long ou encore conditions d'analyse qui arrivent en limite de sensibilité en fonction de l'échantillon. En revanche, les faux positifs sont rares.

Patience pour les tests sérologiques


Concernant les tests sérologiques qui mesurent la présence d'anticorps ayant réagi à un passage du SARS-CoV-2, Alexis de Rougement invite à «prendre patience». Dans la situation actuelle, ils ne seraient pas pertinents car n'apportant guère d'informations épidémiologiques. Au stade où en est la recherche sur ce nouveau coronavirus, on ne sait pas encore si une personne positive est immunisée. Le biologiste se montre circonspect sur les techniques rapides réalisées par immunochromatographie ou TROD (lire notre article sur la demande des pharmaciens). La fiabilité des tests sérologiques reste à démontrer auprès de la Haute Autorité de Santé qui demande qu'en cas de résultat positif, il soit confirmé par un test virologique classique de type Elisa.

Pour autant, une campagne de test de dépistage sérologique est en passe d'être organisée à destination des soignants. Elle vise à mieux connaître les personnes exposées au virus car le Covid-19 entre dans le cadre des maladies professionnelles. De plus, s'il se révèle à l'avenir que l'immunité acquise protège les individus alors «ce sont des gens qui pourraient être mobilisés en premier lieu vis à vis des gens qui sont infectés s'il y a un rebond épidémique, ce qui permettra d'éviter d'exposer des gens à risque».

Trouver les foyers épidémiques restant


Au confinement général de la population, succède l'isolement des personnes contacts pour éteindre les possibilités de transmission du virus. C'est la stratégie « protéger, tester, isoler» de Santé Publique France visant à «casser les chaînes de transmission». Il s'agit de protéger les personnes symptomatiques, de tester les personnes contact et de les isoler le cas échéant. Un patient symptomatique peut donc entraîner le test de nombreuses autres personnes en fonction de son lieu de travail ou de sa sociabilité (lire le communiqué sur les brigades sanitaires).

«Le dépistage massif, c'est vraiment la traque du virus de sorte à ce qu'il n'y ait plus de foyer» lance le biologiste. Une large échelle de tests devrait permettre de trouver où le virus circule encore. Il faut donc s'attendre à d'autres annonces dans les prochains jours de cas positifs sur tel ou tel lieu de travail, dans telle ou telle structure puisque le but est de les faire apparaître.

Ce n'est donc pas le taux de contamination de l'ensemble de la population qui va être surveillé par les autorités de santé dans les prochains jours mais d'éventuelles apparitions de pics localisés de contamination permettant de caractériser un «foyer épidémique» à circonscrire en améliorant par exemple les règles d'hygiène sur un lieu de travail. À l'heure actuelle, le taux de contamination des personnes contacts testées, qui se situe entre 1 et 2%, indique surtout l'effet bénéfique du confinement.

Le professeur Alexis de Rougemont compte sur le respect des gestes barrières, le lavage régulier des mains, l'usage du gel hydroalcoolique et le port du masque pour contenir la circulation du virus. Faisant référence aux épidémies de grippe précédentes, le médecin suppose que «le masque va rentrer dans les mœurs». Et de rappeler que le port du masque contribue à protéger autrui, ce qui revient à se protéger en protégeant les autres.

Le laboratoire de virologie contribue à l'essai Discovery


Plusieurs scénarios de la circulation du virus ont été étudiés : rebond immédiat, seconde épidémie hivernale ou circulation avec atténuation progressive jusqu'à disparition du virus. Ces scénarios font que la plateforme de tests du CHU est implantée pour au moins deux ans.

Au travers des recherches par PCR du virus, la plateforme contribue aussi à sa manière à l'essai Discovery auquel participe le CHU Dijon Bourgogne (lire notre article). Un patient inclus dans une recherche clinique pouvant avoir dix tests à faire par semaine.

Avec la relative accalmie, les activités de recherche tendent à se réorganiser. Dans un avenir proche, le médecin biologiste espère pouvoir travailler sur l'infectiosité du virus plutôt que sur son génome ce qui se ferait dans la salle LSB 3 du laboratoire de virologie. Plusieurs projets sont en cours de préparation afin d'étudier les possibilités de neutraliser le virus dans son environnement.

Jean-Christophe Tardivon